پس از رأیگیری، نمایندگان روسیه بهصورت دستهجمعی کنگره را ترک کردند. تمامی نمایندگان مخالف نیز همراه آنان خارج شدند و برای بحث دربارهٔ وضعیت موجود، جلسهای تشکیل دادند. هنگامی که هرتسل از احساسات عمیق حاکم بر آن جلسه آگاه شد، درخواست کرد تا فرصتی برای سخنرانی در جمع مخالفان به او داده شود. او به آنان اطمینان مؤکد داد که برنامهٔ بازل تحتتأثیر این قطعنامه قرار نخواهد گرفت. او به برنامهٔ بازل، به صهیون و به اورشلیم سوگند وفاداری یاد کرد. سخنرانی او نشاندهندهٔ تحول بزرگی بود که در پیوند ارگانیک هرتسل با جنبش صهیونیستی رخ داده بود. نمایندگان مخالف احساس کردند که هرتسل، با وجود جستوجوی متناوب برای یافتن جایگزینی برای فلسطین، با تمام وجود به ندای صهیون پاسخ میدهد.
مخالفان روز بعد دوباره در کنگره ظاهر شدند. آنها تضمینهایی گرفتند مبنی بر اینکه بودجههای «تراست استعماری یهود»، «صندوق ملی یهود» و «درآمد شِکِل» نباید برای کمیسیون تحقیق در مورد آفریقای شرقی استفاده شود و اینکه این کمیسیون باید پیش از ارائه گزارش خود به کنگره، آن را به «کمیته اقدامات بزرگ» تسلیم کند.
تجربه هرتزل در آنچه «کنگره اوگاندا» نامیده میشود، او را به صهیونیستهای قدیمیتر نزدیکتر کرد. او اکنون دریافته بود که هدف نهایی در آینده نزدیک قابل دستیابی نیست و اوگاندا صرفاً یک دستاورد سازشی است که زمینهای برای آمادگی جهت تلاش دوم برای رسیدن به صهیون فراهم میکند. کنگره ۱۹۰۳ نقطه اوج فعالیت هرتزل بود. این کنگره در واقع، پایان جستجوی او بود.
بعدها، پروژه شرق آفریقا در نظر انگلیسیها به موضوعی کماهمیتتر بدل شد. استعمارگران انگلیسی در شرق آفریقا مخالفت خود را با اسکان یهودیان اعلام کردند. یک جریان مخالف صهیونیستی به رهبری مناخم اوسیشکین، که در کنگره اوگاندا حضور نداشت، سازماندهی شد. کنفرانس خارکوفِ صهیونیستهای روسیه تشکیل شد. هرتسل متهم شد که برنامه بازل را نقض کرده است. کنفرانس خارکوف مسئولیت هرگونه اقدامی در راستای شرق آفریقا را از خود سلب کرد. این کنفرانس کمیتهای سهنفره را مأمور کرد تا خواستههایشان را به اطلاع هرتسل برسانند. آنها از او خواستند تعهد دهد که هیچ پروژه سرزمینی دیگری جز آنچه به فلسطین یا سوریه مربوط میشود، در برابر کنگره قرار ندهد و شرق آفریقا را از دستور کار خارج کند. تا آن زمان، هرتسل از حذف پروژه شرق آفریقا از دستور کار استقبال میکرد؛ روشن بود که دولت انگلیس علاقه چندانی ندارد و به دنبال راهی برای خروج از آن است؛ اما مسیر پرپیچوخم کنش سیاسی، هنگامی که آغاز میشد، به این سادگی قابل توقف نبود؛ هرتسل خود را در زنجیر واقعیت سیاسی گرفتار میدید.