هرتزل در سراسر زندگی صهیونیستی خود از بیماری قلبی رنج میبرد که با درگیر شدن او در هیجانات و فعالیتهای جنبش، روز به روز حادتر میشد. او اندکی پس از نگارش «دولت یهود» از بیماری خود آگاه شد. او نسبت به پیامدهای مرگبار آن پیشآگاهی داشت، اما همچنان بر به دوش کشیدن بار جنبش اصرار ورزید و در این مسیر، تمام توان خود را تحلیل برد. او گهگاه ناچار میشد برای درمان استراحت کند. در چندین نوبت تصور میرفت که او به پایان توان خود رسیده است. هنگامی که او با پروژه اوگاندا دست و پنجه نرم میکرد، یورک-اشتاینر، از دوستان صمیمیاش، درباره ظاهر او نوشت: «آن قامت باشکوه اکنون خمیده، چهرهاش زردگون، چشمانش -که آینهی روحی والا بودند- تیره گشته و دهانش از درد منقبض و با نشانههایی از شور و التهاب همراه بود.»
او تقریباً در آستانهٔ گور بود. در ماه مه، تغییری نگرانکننده و رو به وخامت در وضعیت عضلات قلبش رخ داد. به او دستور داده شد که شش هفته به فرانتسباد برود، اما استراحت هیچ کمکی به او نکرد. در سوم ژوئن، به همراه همسر و چندین تن از دوستانش راهی ادلاخ در زمرینگ شد. او میدانست که این آخرین سفرش است. سپس بهبودی مختصری حاصل شد و او به پشت میز کارش بازگشت. اما بهسرعت حالش رو به وخامت گذاشت. به هخلرِ وفادار گفت: «سلام مرا به همه برسان و به آنها بگو که من خونِ دلم را برای مردمم نثار کردهام.» در سوم ژوئیه، ذاتالریه عارض شد و نشانههای فرسودگیِ نزدیک به پایان پدیدار گشت. مادرش از راه رسید، سپس دو فرزند کوچکش، هانس و تروده. ساعت پنج بعدازظهر، پزشکش که لحظهای چشم از بیمار برداشته بود، آهی عمیق شنید. وقتی برگشت، دید که سرِ هرتسل بر سینهاش فروافتاده است.
هرتزل در وصیتنامهاش خواسته بود که پیکرش در کنار پدرش دفن شود، «تا زمانی که مردم یهود بقایای مرا به فلسطین منتقل کنند، همانجا بماند.» هنگامی که روسها در سال ۱۹۴۵ وارد وین شدند، بقایای هرتزل هنوز در آنجا بود.