Cuando Herzl oyó hablar del profundo sentimiento que prevalecía en la conferencia, pidió el privilegio de hablar a la oposición. Les dio su solemne seguridad de que el Programa de Basilea no se vería afectado por la resolución. Juró lealtad al Programa de Basilea, a Sion y a Jerusalén.
Su discurso reveló la gran transformación que se había operado en la relación orgánica de Herzl con el movimiento sionista. Los delegados de la oposición sintieron que, a pesar de que Herzl buscaba alternativamente uno u otro sustituto para Palestina, su corazón respondía sin reservas al llamado de Sión.
La oposición reapareció en el Congreso al día siguiente. Exigió garantías de que los fondos del Trust Colonial Judío, del Fondo Nacional Judío y de los ingresos del Shekel no se utilizarían para la comisión investigadora de África Oriental, y de que la comisión debía rendir cuentas al Comité de Acciones Mayores antes de presentar su informe ante el Congreso.
La experiencia de Herzl en lo que se denomina el «Congreso de Uganda» lo acercó más a los sionistas de la vieja guardia. Se dio cuenta entonces de que el objetivo final no podría alcanzarse en un futuro próximo, que Uganda era meramente un logro de compromiso, que proporcionaba el campo de preparación para un segundo intento de llegar a Sion. El Congreso de 1903 fue el punto culminante de la carrera de Herzl. Fue, en efecto, el fin de su búsqueda.
Más tarde, el proyecto de África Oriental pasó a ser un asunto de menor importancia a los ojos de los ingleses. Los colonos ingleses en África Oriental declararon su oposición a un asentamiento judío.
Se organizó una oposición sionista, encabezada por Menahem Ussishkin, quien no estuvo presente en el Congreso de Uganda. Se convocó la Conferencia de Járkov de los sionistas rusos. Se acusó a Herzl de haber violado el Programa de Basilea. La Conferencia de Járkov declinó toda responsabilidad en relación con cualquier acción orientada hacia el