«Aquí hay gato encerrado por alguna parte —se comentó con agudeza—, pues los jesuitas nunca se alteraron tanto cuando solo estaba en juego la gloria de Dios». El docto Petavius, e incluso el Príncipe de Condé, no desdeñaron mezclarse en el
Durante un tiempo Arnauld pareció triunfar, pero finalmente la influencia de Roma se volvió en su contra, y se vio feliz de refugiarse en la clandestinidad; el primero de los muchos escondites a los que su incesante actividad polémica lo arrastró en el transcurso de su larga vida.
Jamás disminuyó su oposición. Apenas se había retirado de una controversia, cuando reaparecía en otra. Su energía no conocía límites, su amor por la lucha no tenía tregua. Cuando en su vejez su amigo y compañero de estudios Nicole le aconsejó que descansara.
«¿Descansar! —dijo—; ¿no tengo acaso toda la eternidad para descansar?»
Era natural que, al iniciarse la gran controversia jansenista, Arnauld se encontrara a la vanguardia de la misma.
«Una apología de Jansenio» salió de su pluma en 1644, y una segunda «Apología» al año siguiente.
Por un momento pareció como si los jesuitas fueran a fracasar en sus esfuerzos por conseguir la condena efectiva del libro.
Mas al fin uno de ellos, Nicolas Cornet, síndico de la Facultad de Teología de París, recopiló su herejía esencial en forma de siete proposiciones. Estas proposiciones fueron reducidas después a cinco; y por fin, el 31 de mayo de 1653, se obtuvo de la Corte de Roma una condena formal de las mismas.