Al fin, el factor no tuvo a nadie a su lado salvo a Pedro Sabiote y a cuatro de sus criados. Al verse así abandonado por los suyos, empuñó una mecha para disparar el cañón él mismo; mas los confederados se abalanzaron sobre él con tanta rapidez que se vio obligado a entregarse prisionero. Por el momento se le impuso una fuerte guardia, hasta que se construyó una jaula con gruesas vigas, en la cual fue encerrado con seguridad.
Así terminó el poder de este hombre, y se despacharon mensajeros con toda prisa a todas las poblaciones de la Nueva España para difundir la noticia.
Este cambio fue bien recibido por algunos, pero otros, a quienes el factor había concedido encomiendas, parecían de todo menos complacidos; y cuando la noticia del derrocamiento del factor llegó a los campamentos de Coatlan y Oaxaca, el veedor se alarmó tanto con las malas nuevas que cayó enfermo, confirió el mando supremo de las tropas a Monjaraz, quien padecía horriblemente de una dolencia en las ingles, y en verdad buscó refugio en el convento franciscano de Tezcuco.
Por entonces, sin embargo, los nuevos gobernadores habían enviado a varios alguaciles en su busca; así pues, cuando supieron a dónde había huido, entraron en el convento sin ninguna ceremonia y se lo llevaron preso a México, donde fue encerrado en una jaula similar a la que habitaba el factor.
Sobre esto, se enviaron mensajeros a Guatemala para informar a Alvarado de la caída del factor y el veedor. Como la provincia en la que entonces se hallaba no estaba muy distante de Trujillo, los confederados también le entregaron sus cartas para Cortés, en las que le daban cuenta de cómo se había manejado todo el asunto y de que era necesario que partiese a México con toda urgencia. Con estas misivas se le pidió a Alvarado que fuera en persona a Trujillo, y que, una vez allí, instara a Cortés a marchar sin más demora.