Cuando el virrey recibió noticias de que una armada tan vasta había sido equipada a tal distancia de Veracruz y de México, quedó sumido en el asombro más absoluto. Consultó a los pilotos y cosmógrafos más experimentados, y supo por ellos, pero en especial por su pariente Villalobos, que era un geógrafo y navegante muy hábil, que era completamente posible llegar a China navegando rumbo al oeste desde el nuevo mundo.
Esto le despertó un gran deseo de compartir los gastos de la expedición con Alvarado; con cuyo fin primero le hizo a este una propuesta por carta, y luego le envió a su mayordomo Agostino Guerrero y a Don Luis de Castilla para fijar los términos de un acuerdo.
A raíz de esta propuesta tuvo lugar una entrevista entre el virrey y Alvarado en el pueblo de Chiribitio, situado en la provincia de Mechoacan, una encomienda perteneciente a Juan de Alvarado. Aquí ambos personajes distinguidos inspeccionaron la armada y luego viajaron en compañía a México, con el fin de seleccionar a un oficial como capitán general de toda la expedición.
Alvarado deseaba nombrar a su pariente Juan de Alvarado, de Guatemala, a quien, sin embargo, no se debe confundir con la persona del mismo nombre recién mencionada; pero la elección del virrey recayó en su pariente Villalobos. El propio Alvarado se había visto obligado a abandonar toda idea de asumir el mando supremo en persona, ya que los asuntos de su propia provincia requerían su presencia inmediata allí; sin embargo, deseaba estar presente en la partida de la armada, con cuyo propósito viajó por tierra hasta el puerto de Navidad, donde todos los buques se hallaban listos y solo esperaban sus órdenes para zarpar.
Justo cuando se disponía a dar estas órdenes, recibió una carta de Cristóbal de Oñate, a quien, como he mencionado anteriormente, Vázquez Coronado, durante su ausencia en Cíbola, había nombrado gobernador de Xalisco.