Los enemigos de Cortés y de Sandoval, en esta ocasión, volvieron a propalar sus calumnias por todas partes, afirmando que habían envenenado a León de la misma manera que a Garay.
El más ruidoso entre estos difamadores fue el padre Tomás Ortiz, pero este mismo, junto con varios frailes de su orden, murió de la misma enfermedad infecciosa pocos meses después.
Parece que el barco que traía a León desde España venía contagiado con una especie de fiebre pestilencial; pues de más de un centenar de personas que iban a bordo, muchas habían muerto durante la travesía, y un número aún mayor pereció del mismo mal poco después de su llegada a Medellín.
La mayoría de los frailes también cayeron víctimas de este mal, y se llegó a decir que la enfermedad se había extendido a México.