En 1846 escribió su Philosophie de la Misère (Filosofía de la miseria), que recibió una elaborada réplica y refutación por parte de Karl Marx.
En 1847 fue a París.
En la Revolución de 1848 se mostró como un vigoroso polemista y fue elegido diputado por el Sena. Escribió numerosos artículos en varios periódicos, en su mayoría críticas sobre el curso de la revolución.
En la Cámara propuso un impuesto de un tercio que debía aplicarse sobre todos los 220 intereses y rentas, el cual, como era de esperar, fue rechazado. También presentó un proyecto para un banco de crédito mutuo, con el cual esperaba simplificar el cambio y reducir el interés hasta un punto insignificante; pero este proyecto también fue rechazado.
Tras el fracaso de la revolución del 48, Proudhon estuvo encarcelado durante tres años, tiempo durante el cual se casó con una joven de la clase trabajadora.
En 1858 desarrolló plenamente su sistema de «Mutualismo» en su última obra, titulada La justicia en la revolución y en la Iglesia. A consecuencia de la publicación de este libro tuvo que retirarse a Bruselas, pero fue amnistiado en 1860, regresó a Francia y murió en Passy en 1865.
Las opiniones y obras de Proudhon pueden dividirse a grandes rasgos en dos periodos: En su obra ¿Qué es la propiedad?, su postura es la de un comunista puro y simple; pero tras este único desarrollo claro de una tesis definida, encontramos en sus escritos, y debemos añadir que en sus acciones políticas también, tal cantidad de paradojas que resulta casi imposible formular brevemente una doctrina proudhoniana definida. Unas veces comunista, otras acérrimo opositor del comunismo; unas veces profesando la anarquía, otras prestándose a los proyectos del socialismo