Las insinuaciones de Duillier encendieron una llama de discordia que apenas bastó un siglo entero para extinguir. Leibniz, que nunca había disputado la prioridad del descubrimiento de Newton, y que parecía bastante satisfecho con la admisión de Newton en su escolio, comparece ahora por primera vez en la controversia. Dio una respuesta animada en las Actas de Leipzig y se quejó ante la Royal Society de la injusticia que se le había hecho.
Aquí quedó el asunto por algún tiempo.
En la Quadrature of Curves, publicada en 1704, se hizo pública por primera vez una exposición formal del método y la notación de las fluxiones.
En 1705 apareció en las Actas de Leipzig una reseña desfavorable sobre esto, que afirmaba que Newton usa y siempre ha usado fluxiones en lugar de las diferencias de Leibniz. Los amigos de Newton consideraron esto como una imputación de plagio hacia su líder, pero esta interpretación siempre fue rechazada enérgicamente por Leibniz.
Keill, profesor de astronomía en Oxford, emprendió con más celo que juicio la defensa de Newton. En un artículo incluido en las Philosophical Transactions de 1708, afirmó que Newton fue el primer inventor de las fluxiones y «que el mismo cálculo fue publicado más tarde por Leibniz, habiendo cambiado el nombre y el modo de notación». Leibniz se quejó ante el secretario de la Royal Society por el mal trato y solicitó la intervención de dicho organismo para inducir a Keill a desmentir la intención de imputar fraude.
A Keill no se le obligó a retractarse de su acusación; por el contrario, fue autorizado por Newton y la Real Sociedad para explicar y defender su afirmación. Esto lo hizo en una larga carta. Leibniz se quejó entonces de que la acusación era ahora más abierta que antes, y apeló a la justicia de la Real Sociedad y del propio Newton.
La Royal Society, apelada de este modo como juez, nombró un comité que reunió e informó sobre una gran cantidad de documentos —en su mayoría cartas de y para Newton, Leibniz, Wallis, Collins, etc.—. Este informe, llamado el
Commercium Epistolicum, apareció en el año 1712 y de nuevo en 1725, con una Recensio como prefacio y notas adicionales de Keill.
La conclusión final del Commercium Epistolicum fue que Newton era el primer inventor. Pero esto no venía al caso. La cuestión no era si Newton era el primer inventor, sino si Leibniz había robado el método.
El comité no se había aventurado formalmente a afirmar su creencia de que Leibniz era un plagiarario. Sin embargo, a lo largo de todo el documento corre el deseo de probar que Leibniz era culpable de más de lo que pretendían afirmar categóricamente.
Leibniz protestó solo en cartas privadas contra el procedimiento de la Royal Society, declarando que no respondería a un argumento tan débil. John Bernoulli, en una carta a Leibniz que se publicó más tarde en un folleto anónimo, se muestra tan decididamente injusto con Newton como lo habían sido los amigos de este último con Leibniz.