A menudo ocurre, sin embargo, que estos compuestos recién descubiertos fueron previstos por la química, cuyo objeto es la aprehensión de esa uniformidad que rige sobre la multitud de sustancias compuestas, y cuya meta es la comprensión de aquellas leyes que gobiernan su formación y propiedades. Una vez establecida la concepción de los elementos, los siguientes objetos de la química fueron: la determinación de las propiedades de las sustancias compuestas sobre la base de la determinación de la cantidad y clase de los elementos de los que están compuestas; la investigación de los elementos mismos; la determinación de qué sustancias compuestas pueden formarse a partir de cada elemento y las propiedades que estos compuestos muestran; y la aprehensión de la naturaleza de la conexión entre los elementos en diferentes compuestos. Un elemento sirve así como punto de partida y se toma como la concepción primaria sobre la cual se edifican todas las demás sustancias.
Cuando afirmamos que cierto elemento entra en la composición de un compuesto determinado (cuando decimos, por ejemplo, que el óxido de mercurio contiene oxígeno) no queremos decir que contenga oxígeno como sustancia gaseosa, sino que solo deseamos expresar aquellas transformaciones que el óxido de mercurio es capaz de realizar; es decir, queremos decir que es posible obtener oxígeno a partir del óxido de mercurio, y que este puede ceder oxígeno a diversas sustancias; en una palabra, solo deseamos expresar aquellas transformaciones de las cuales es capaz el óxido de mercurio.
O, más concisamente, puede decirse que la composición de un compuesto es la expresión de aquellas transformaciones de las cuales es capaz.
Es útil en este sentido hacer una distinción clara entre la concepción de un elemento como una sustancia homogénea separada, y como una parte material pero invisible de un compuesto.
El óxido de mercurio no contiene dos cuerpos simples, un gas y un metal, sino dos elementos, mercurio y oxígeno, que, cuando están libres, son un gas y un metal.
Ni el mercurio como metal ni el oxígeno como gas están contenidos en el óxido de mercurio; este solo contiene la sustancia de estos elementos, así como el vapor solo contiene la sustancia del hielo, pero no el hielo en sí, o como el maíz contiene la sustancia de la semilla, pero no la semilla en sí.
La existencia de un elemento puede reconocerse sin conocerlo en estado libre, sino únicamente a partir de la investigación de sus combinaciones, y del conocimiento de que este produce, bajo todas las condiciones posibles, sustancias que no se parecen a ninguna otra combinación conocida de sustancias.
El flúor es un ejemplo de este tipo. Durante mucho tiempo fue desconocido en estado libre, y sin embargo fue reconocido como un elemento porque se conocían sus combinaciones con otros elementos y se había determinado su diferencia respecto a todas las demás sustancias compuestas similares.
Para comprender la diferencia entre la concepción de la forma visible de un elemento tal como la conocemos en estado libre, y la del elemento intrínseco (o «radícula», como lo llamó Lavoisier) contenido en la forma visible, debe señalarse que las sustancias compuestas también se combinan entre sí formando compuestos aún más complejos, y que desprenden calor en el proceso de combinación.
El compuesto original a menudo puede extraerse de estos nuevos compuestos exactamente por los mismos métodos con que los elementos se extraen de sus combinaciones correspondientes.