Durante el viaje del "Beagle" me había impresionado profundamente descubrir en la formación pampeana grandes animales fósiles cubiertos de una armadura semejante a la de los armadillos actuales; en segundo lugar, por la manera en que animales estrechamente emparentados se reemplazan unos a otros al avanzar hacia el sur por el continente; y en tercer lugar, por el carácter sudamericano de la mayoría de las producciones del archipiélago de Galápagos, y más especialmente por la manera en que difieren ligeramente en cada isla del grupo, sin que ninguna de las islas parezca ser muy antigua en un sentido geológico.
Era evidente que tales hechos, así como muchos otros, solo podían explicarse bajo la suposición de que las especies se modifican gradualmente; y el tema me obsesionaba.
Pero era igualmente evidente que ni la acción de las condiciones circundantes, ni la voluntad de los organismos (especialmente en el caso de las plantas) podían dar cuenta de los innumerables casos en los que organismos de toda índole están bellamente adaptados a sus hábitos de vida —por ejemplo, un pájaro carpintero o una rana arborícola para trepar a los árboles, o una semilla para su dispersión mediante ganchos o vilanos—.
Me habían llamado siempre mucho la atención tales adaptaciones, y hasta que estas pudieran explicarse, me parecía casi inútil esforzarme en demostrar mediante pruebas indirectas que las especies se han modificado.
Después de mi regreso a Inglaterra me pareció que, siguiendo el ejemplo de Lyell en Geología, y recopilando todos los hechos que tuvieran alguna relación con la variación de los animales y las plantas bajo la domesticación y en la naturaleza, tal vez se podría arrojar algo de luz sobre todo el asunto. Mi primer cuaderno de notas se abrió en julio de 1837. Trabajé basándome en auténticos principios baconianos y, sin ninguna teoría,