La soberanía, por otra parte, es según él absoluta, inalienable, indivisible e indestructible. No puede ser limitada, abandonada, compartida o destruida.
Es una parte esencial de toda vida social que el derecho a controlar los destinos del Estado pertenezca en última instancia a la totalidad del pueblo.
Evidentemente, debe haber al final en alguna parte de la sociedad un tribunal de apelación último, ya sea determinado o no; pero, a menos que se distinga la soberanía del gobierno, este, haciéndose pasar por soberano, será inevitablemente considerado absoluto. La única manera de evitar las conclusiones de Hobbes es, por lo tanto, establecer una clara separación entre ambos.
Rousseau intenta hacer esto mediante una adaptación de la doctrina de los «tres poderes». Pero en lugar de tres poderes independientes que compartan la autoridad suprema, otorga solo dos, y hace que uno de ellos dependa enteramente del otro. Sustituye la coordinación de las autoridades legislativa, ejecutiva y judicial por un sistema en el que el poder legislativo, o Soberano, es siempre supremo; el ejecutivo, o gobierno, siempre secundario y derivado; y el poder judicial, meramente una función del gobierno. Esta división la establece, naturalmente, entre voluntad y poder. El gobierno debe limitarse a llevar a cabo los decretos, o actos de voluntad, del pueblo Soberano. Del mismo modo que la voluntad humana transmite un comando a sus miembros para su ejecución, el cuerpo político puede dar fuerza a sus decisiones estableciendo una autoridad que, al igual que el cerebro, pueda ordenar a sus miembros. Al delegar el poder necesario para la ejecución de su voluntad, no está cediendo nada de su autoridad suprema. Permanece como Soberano, y puede revocar en cualquier momento las concesiones que haya hecho. El gobierno, por lo tanto, existe solo por voluntad del Soberano, y es siempre revocable por la voluntad soberana.