Fueron descubiertas en 1608–9 por el capitán William Keeling, que entonces estaba al servicio de la Compañía de las Indias Orientales. El grupo meridional consta de siete u ocho islas e islotes sobre el atolón, que es el esqueleto de lo que algún día, según la historia de los arrecifes de coral, será una isla continua. El norte de Keeling no tiene puerto, rara vez es visitado y carece de importancia. Las Cocos del Sur son un pequeño y extrañísimo mundo, con una historia romántica propia. En ocasiones han recibido la visita del mástil flotante de algún barco azotado por un huracán, o de un árbol que ha derivado desde Australia, o de una desdichada nave náufraga, y finalmente del hombre. Hasta una roca llegó una vez a Keeling, apresada entre las raíces de un árbol.
Tras el descubrimiento de las islas por el capitán Keeling, su primer visitante notable fue el capitán John Clunis-Ross, quien en 1814 recaló en el barco Borneo en un viaje a la India.
El capitán Ross regresó dos años más tarde con su esposa, su familia, su suegra, la señora Dymoke, y ocho marineros-artesanos para tomar posesión de las islas, pero halló allí ya a un tal Alexander Hare, quien entretanto había marcado el pequeño atolón como una especie de Edén para un serrallo de mujeres malayas que había trasladado desde la costa de África.
Fue el propio hermano de Ross, curiosamente, quien fletó a Hare y a su grupo de mujeres hacia las islas, sin saber de los planes del capitán John para ocupar aquel pequeño mundo. Y así Hare estaba allí con su séquito, como si hubiera venido para quedarse.
Sin embargo, en su visita anterior, Ross había clavado la bandera inglesa a un mástil en la isla Horsburg, una de las del grupo.