En virtud de su comisión, Velázquez nombró a este hombre capitán general y teniente gobernador del nuevo país, con órdenes de enviar a Cortés y a cualquier capitán rebelde encadenados a Cuba, de continuar la conquista y de administrar en pro de los mejores intereses del asentamiento.16 Pero los amigos de Cortés no se quedaron de brazos cruzados. Hicieron que se presentaran en secreto acusaciones ante la audiencia17 de que estaba a punto de desatarse una guerra fratricida en la nueva región, ruinosa para los intereses de Dios y del rey, y el promotor fiscal18 tomó medidas legales de inmediato. La política de Cortés de enviar procuradores a España, con regalos y mensajes para el rey, surtió efecto en la audiencia, la cual consideró no solo que su caso había escapado de su jurisdicción, sino que él estaba prestando, y probablemente prestaría, un servicio mayor al interés real que su rival. Nada predispuestos a favor de Velázquez, enviaron además a Cuba al prudente licenciado Lucas Vázquez de Ayllón, miembro de su propio cuerpo, con instrucciones de evitar el peligro amenazante.
Acompañado por Pedro de Ledesma, secretario de la audiencia, y el alguacil mayor, Ayllón se encontró con Narváez en Yagua,19 quien se preparaba con una parte de la flota para unirse al resto en Guaniguanico.
Tras imponer al capitán la prohibición de abandonar Cuba, se dirigió al punto de encuentro y expuso a Velázquez el mal que necesariamente resultaría de su proyecto; le instó a que su deber como gobernador y súbdito leal le exigía renunciar a la venganza y al interés personales, y finalmente le prohibió la expedición sin el permiso expreso del rey.
El gobernador, que al parecer había obtenido noticias más precisas desde España sobre la riqueza y las promesas de la Nueva España, estaba más decidido que nunca a llevar a cabo su empresa. Confiando en la concesión del territorio hecha a su persona, consideraba que tenía todo el derecho a reclamar lo suyo y a tratar a Cortés como un intruso. Al principio se negó a reconocer la jurisdicción de la audiencia en este asunto, pero finalmente fingió plegarse a los puntos de vista de Ayllón.