Finalmente, el célebre Coprougli, colocado por sus méritos al frente del ministerio otomano, resolvió tomar la dirección personal de esta guerra que había durado tanto tiempo: en consecuencia, se dirigió a la isla, donde los transportes habían desembarcado cincuenta mil hombres, a cuya cabeza condujo el ataque de una manera enérgica. (1667.)
En este memorable asedio, los turcos demostraron más habilidad que anteriormente: su artillería, de calibre muy pesado, estuvo bien servida y, por primera vez, hicieron uso de trincheras, las cuales fueron invención de un ingeniero italiano.
Los venecianos, por su parte, mejoraron enormemente los métodos de defensa mediante minas. Jamás se había visto un celo tan furioso desplegado en la destrucción mutua mediante combates, minas y asaltos. Su heroica resistencia permitió a la guarnición resistir durante el invierno: en primavera, Venecia envió refuerzos y el duque de Feuillade trajo unos cuantos cientos de voluntarios franceses.
Los turcos también habían recibido fuertes refuerzos y redoblaron sus esfuerzos. El sitio tocaba a su fin, cuando seis mil franceses acudieron en auxilio de la guarnición bajo la dirección del duque de Beaufort y de Navailles (1669). Una salida mal conducida desanimó a estos jóvenes presumidos, y Navailles, disgustado por los sufrimientos padecidos en el sitio, asumió la responsabilidad, al cabo de dos meses, de llevarse de regreso a Francia los restos de sus tropas. Morosini, al no contar entonces sino con tres mil hombres exhaustos para defender una plaza que estaba abierta por todas partes, accedió por fin a evacuarla, y se pactó una tregua, que condujo a un tratado de paz formal. Candía le había costado a los turcos veinticinco años de esfuerzos y más de cien mil hombres muertos en dieciocho asaltos y varios centenares de salidas. Se calcula que treinta y cinco mil cristianos de diferentes naciones perecieron en la gloriosa defensa de la plaza.