Algunos autores lo consideran meramente como un plan para agrupar a aquellos seres vivos que más se parecen y separar a los que más se diferencian; o como un método artificial para enunciar, tan brevemente como sea posible, proposiciones generales—es decir, dar en una sola frase los caracteres comunes, por ejemplo, a todos los mamíferos, en otra los comunes a todos los carnívoros, en otra los comunes al género de los perros y luego, añadiendo una sola frase, dar una descripción completa de cada tipo de perro. El ingenio y la utilidad de este sistema son indiscutibles. Pero muchos naturalistas piensan que el Sistema Natural significa algo más; creen que revela el plan del Creador; mas a menos que se especifique si por el plan del Creador se entiende el orden en el tiempo o en el espacio, o en ambos, o cualquier otra cosa, me parece que con ello no se añade nada a nuestros conocimientos. Expresiones tales como aquella famosa de Linneo, que a menudo encontramos de forma más o menos velada, a saber, que los caracteres no hacen el género, sino que el género da los caracteres, parecen implicar que en nuestras clasificaciones se incluye un vínculo más profundo que el del mero parecido. Creo que este es el caso, y que la comunidad de ascendencia—la única causa conocida de la gran similitud entre los seres orgánicos—es el vínculo que, aunque observado mediante diversos grados de modificación, se nos revela parcialmente a través de nuestras clasificaciones.
Consideremos ahora las reglas que se siguen en la clasificación y las dificultades con que se tropieza al adoptar el punto de vista de que la clasificación proporciona algún plan desconocido de creación, o es simplemente un sistema para enunciar proposiciones generales y agrupar las formas que más se parecen entre sí.