Müller ordenó, valiéndose únicamente de tales caracteres, la gran clase de los crustáceos, y la ordenación no resultó ser natural. Pero no cabe duda de que los caracteres embrionarios, excluyendo los larvales, son de altísimo valor para la clasificación, no solo en los animales, sino también en las plantas. Así, las principales divisiones de las plantas con flores se fundamentan en las diferencias del embrión —en el número y la posición de los cotiledones, y en el modo de desarrollo de la plúmula y la radícula—. Veremos de inmediato por qué estos caracteres poseen un valor tan elevado en la clasificación, a saber, porque el sistema natural es genealógico en su disposición.
Nuestras clasificaciones suelen estar claramente influidas por cadenas de afinidades.
Nada puede ser más fácil que definir una serie de caracteres comunes a todas las aves; pero con los crustáceos, cualquier definición de este tipo ha resultado hasta ahora imposible. Hay crustáceos en los extremos opuestos de la serie que apenas tienen un carácter en común; sin embargo, las especies de ambos extremos, por estar claramente emparentadas con otras, y éstas con otras, y así sucesivamente, pueden ser reconocidas como pertenecientes inequívocamente a esta, y a ninguna otra clase de los Articulata.
La distribución geográfica se ha empleado a menudo, aunque quizás no de un modo muy lógico, en la clasificación, más especialmente en grupos muy grandes de formas estrechamente emparentadas.
Temminck insiste en la utilidad o incluso la necesidad de esta práctica en ciertos grupos de aves; y ha sido seguida por varios entomólogos y botánicos.
Por último, respecto al valor comparativo de los diversos grupos de especies, tales como órdenes, subórdenes, familias, subfamilias y géneros, estos parecen ser, al menos por el momento, casi arbitrarios.