El hábito entra en juego sin duda a menudo para modificar los instintos; pero ciertamente no es indispensable, como vemos en el caso de los insectos neutros, que no dejan descendencia que pueda heredar los efectos de un hábito prolongado. Desde el punto de vista de que todas las especies del mismo género han descendido de un progenitor común y han heredado mucho en común, podemos comprender cómo es que las especies afines, cuando se hallan bajo condiciones de vida muy diferentes, siguen sin embargo casi los mismos instintos; por qué los tordos de la América del Sur tropical y templada, por ejemplo, forran sus nidos con barro al igual que nuestra especie británica. Desde el punto de vista de que los instintos han sido adquiridos lentamente a través de la selección natural, no debemos maravillarnos de que algunos instintos no sean perfectos y sean propensos a errores, y de que muchos instintos hagan sufrir a otros animales.
Si las especies no son más que variedades bien marcadas y permanentes, podemos comprender de inmediato por qué su descendencia cruzada debe seguir las mismas leyes complejas en sus grados y tipos de semejanza con sus progenitores —al ser absorbidas unas en otras mediante cruces sucesivos y en otros puntos similares— que las que sigue la descendencia cruzada de variedades reconocidas. Esta similitud sería un hecho extraño si las especies hubieran sido creadas independientemente y las variedades se hubieran producido a través de leyes secundarias.
Si admitimos que el registro geológico es imperfecto en extremo grado, entonces los hechos que dicho registro sí aporta respaldan firmemente la teoría de la descendencia con modificación. Las nuevas especies han aparecido en escena lentamente y a intervalos sucesivos; y la magnitud del cambio, tras intervalos de tiempo iguales, difiere ampliamente en los distintos grupos. La extinción de especies y de grupos enteros de especies,